Desa Kendung mempunyai latar belakang sejarah yang unik. Keunikan itu karena berasal dari sebuah fenomena alam. Asal mula desa Kendung berasal dari kata PUNDUNG yaitu berupa gundukan tanah yang dikeramatkan oleh orang – orang dulu yang biasanya di jadikan tempat keramat untuk mengalap berkah. Di atas pundung tersebut dulunya ada sebuah tongkat yang oleh orang – orang di sekitar disebut tongkat sakti sehingga tempat dimana pundung itu berada dijadikan puser desa atau pusat desa. Keberdaan tongkat tersebut diartikan sebagai penolong / penuntun sehingga dijadikan kebijakan dalam menentukan kebijakan desa pada waktu itu. Selain dari kata PUNDUNG desa Kendung juga berasal dari kata KEDUNG yaitu salah satu tempat di daerah aliran sungai yang berada di desa Kendung di mana tempat tersebut memiliki kedalaman yang lebih dari pada yang lain sehingga oleh orang – orang dulu disebut KEDUNG.